解放初期，赵九章主张在广东等地以种植防风林带方式改变局部小气候，为橡胶移植到亚热带地区创造了条件。50年代中期，国际上开始人工降水研究，在赵九章的积极倡议下，在中国这样一个农业大国研究人工降水，使中国的云雾物理研究开展起来，并取得了暖云降水理论和积云动力学等研究成果。同时，赵九章成立了海浪研究组，填补了中国海浪研究和海浪观测研究的空白，为开发海洋、保卫祖国做出了积极贡献。

1958年，赵九章（前排左二）陪同苏联科学院领导一行到小麦岛海浪观测台参观

 1958年，中国科学院计划利用自身优势，创办一所培养新兴学科和交叉学科科技人才的新型大学——中国科学技术大学。赵九章对中国科大的建立非常支持，并建议增设应用地球物理系(13系)。该建议得到中国科学院的批准，并任命赵九章为系主任。根据赵九章的意见，设4个教研室，即高空大气物理教研室(主任由赵九章兼任)，气象教研室(主任为顾震潮)，地震教研室(主任为傅承义)，遥测遥控教研室(主任为秦馨菱)。所内不少科技骨干先后去讲课并帮助建立实验室。

赵九章亲自主讲空间物理学，并带头编写了应用地球物理系第一期招生简章，对专业内容和发展趋势做了详细介绍。他强调所内研究人员在从事教学工作时，要增加与年轻人的反馈与互动。鼓励老师在课堂上做演示，帮助学生从感性认识提升到理性认识。早在1962年，他就写信给中国科学院领导，提出中国科大应该开办研究生院，为中国科学院培养研究生，并就研究生入学试题、研究生课程讲授、研究生毕业考试及论文答辩等方面提出具体建议。

赵九章有着对科学、对真理从一而终的无限热爱。其一生可谓桃李芬芳，为中国地球物理、大气物理和空间物理等培养了一大批中流砥柱。20世纪50年代国内气象界“四大金刚”中的“三大金刚”气象学家叶笃正院士、气象学与大气物理学家顾震潮教授、动力气象学家陶诗言院士都是他的爱徒。