1958年，中科院筹办中国科大，确立“全院办校、所系结合”的办学方针。钱人元时任中科院化学研究所研究员、中国科大兼职教授，与王葆仁教授在中国科大共同创建了我国第一个也是世界第一个高分子化学和高分子物理系，并担任高分子物理教研室主任，在国内率先开展高分子物理科技人才的培养工作。

1958年7月，时任中科院化学研究所副所长柳大纲召集新成立的中国科大普通化学教研室成员举行第一次会议，钱人元、王葆仁、梁树权、杨承宗等著名科学家出席了会议。钱人元等人讨论了中国科大建校后首批设置的13个系的普通化学课程的学习要求、教材、教员力量配备、讲课时间与实验复习时间的比重和实验设备等。

钱人元还参加了中国科大普通物理教学研究等方面的会议，不断为学校的筹建建言献策，与中科院各研究所的专家们一起为学校制订了普通物理与普通化学课程的教学计划，确定了教学内容。他还亲自制定了中国科大高分子物理化学专业的教学大纲、专业课程设置、实验规划，并亲自登台讲授“高分子物理”、“高分子物理化学”两门课。他的课程内容后整理成《高聚物的结构与性能》一书，成为高校教学参考书，也是国内高分子科学工作者非常重要的中文参考书籍之一。

钱人元为高分子系58级学生毕业30周年题词

1978年，科学的春天回到中国大地。同年4月，为贯彻落实党中央批准的中科院《关于中国科技大学若干问题的报告》，把学校建成高水平的教学中心、科研中心，中科院严济慈、李昌两位副院长率各研究所所长、研究员一行20多人来到中国科大检查指导工作，钱人元再次来到学校后被任命为化学系副主任。

此次中国科大之行，钱人元与高分子物理专业的师生进行了座谈。钱人元详细阐明了高分子学的重要性，并强调指出，随着高分子工业的逐步发展壮大，全国对此类人才的需要量很大，因此高分子物理专业一定要很好地办下去。他要求学校的老师要实现教学和科研的有机结合，让讲课和科研融会贯通，并以身作则，动员中科院化学研究所的科研人员来中国科大高分子系兼职授课。他还仔细分析了学校专业分得过细的原因，强调只有减少专业设置，加强基础课的学习，才能打造出适应性较强的人才。他建议学校针对这种情况把某些专业改为研究室或研究组。钱人元十分关心学生的学习和生活，反复询问同学们是否有学习和生活困难，并号召同学们培养自学能力，打好基础，学好外语，通过不懈努力把学校创建成第一流的大学。

钱人元一直关心中国科大的人才培养和科学研究工作。1989年，他还来学校亲自主持“第三次中日有机固体中的电导、光导及其有关现象双边讨论会”。