中国科学技术大学档案馆成立于199211,校史馆成立于20039月。档案馆、校史馆合署办公,处级建制,现任馆长刘明。馆内设档案保管与利用室、信息技术与综合室、文书档案业务室、教学档案业务室、科技档案业务室、校史研究室。现有员工14人,其中高级职称6人,中级职称6人。档案馆位于校东区214(东活广场南),校史馆位于校东区219(东活广场西南),两馆使用面积均2000余平方米。
    
档案馆统一管理全校各类档案,馆藏始于1958年,现有各类档案40万余卷()。主要有党群、行政、教学、科研、外事、基建、设备、学生、出版物、声像、著名人物等门类。郭沫若、严济慈、华罗庚、钱学森等校领导、科学家手稿,邓小平、江泽民、李鹏、乔石、聂荣臻、方毅、张劲夫、严济慈等题词和郭沫若、严济慈、赵忠尧、钱临照等工作、生活用品的实物档案尤为珍贵。

  档案馆2000年组织复原安装我国首台加速器,举办赵忠尧教授纪念展,杨振宁、李政道、丁肇中等著名科学家分别题词。20019月举办校史人物纪念展。20039月建成校史馆并举办校史展。20089月在纪念建校50周年之际,新建校史馆并举办校史展览,以保存历史记忆,弘扬优良传统,彰显成就,传承文化,推动一流研究型大学建设。
    
为方便利用,编制多种检索工具,开展电话、信函查询服务,受理档案寄存。编写出版《中国科学技术大学大事记》、《中国科学技术大学年鉴》《科大简史》和《中国科大逸事》、《中国科学技术大学编年史稿》、《中国科学技术大学档案史料汇编》等著作。